Die BOGESTRA engagiert sich auf vielfältige Weise in verschiedenen Organisationen, indem sie Mitglied von Verbänden ist, die sich inhaltlich mit den Belangen von Verkehrsunternehmen beschäftigen und damit als Interessenvertreter für den ÖPNV auftreten.
Im Verband Deutscher Verkehrsunternehmen (VDV) sind die Unternehmen des öffentlichen Personennahverkehrs und des Güterverkehrs mit Schwerpunkt Eisenbahngüterverkehr in Deutschland organisiert.
Die Mitgliedsunternehmen des VDV tauschen sich regelmäßig aus und erarbeiten einheitliche technische, betriebliche, rechtliche und wirtschaftliche Grundsätze, um für sich eine bestmögliche Betriebsgestaltung zu ermöglichen. Der VDV vertritt die Interessen der Unternehmen gegenüber der Politik, Behörden, der Industrie und anderen Institutionen.
Seit dem 1. Juli 2004 ist die BOGESTRA AG Mitglied in der Akademie des Verbandes Deutscher Verkehrsunternehmen. Ziel ihrer Aktivitäten ist die Qualitätssicherung von Aus- und Weiterbildung im Öffentlichen Personenverkehr und im Schienengüterverkehr. Die Akademie entwickelt Bildungsprodukte für Verkehrsunternehmen und ihre Mitarbeitende.
Im VRR organisieren 27 kommunale Unternehmen und sechs Eisenbahnverkehrsgesellschaften gemeinsam den Nahverkehr an Rhein und Ruhr. Städte und Kreise der Region, die lokalen Verkehrsunternehmen und die Eisenbahnverkehrsunternehmen arbeiten eng zusammen, um den Kund*innen ein abgestimmtes Bus- und Bahn-Angebot zu machen. Dies geschieht auf der Grundlage des sogenannten ÖPNV-Gesetzes, das die Landesregierung zum 1. Januar 2008 reformiert hat und das die Struktur und Finanzierung von Bus und Bahn festlegt.
Im Zentrum der Arbeit des VRR stehen Kund*innenorientierung und Dienstleistung bei gleichzeitiger Wirtschaftlichkeit. Der ÖPNV muss seiner sozialen Funktion gerecht werden und ein ausgewogenes Preis-Leistungs-Verhältnis bieten, darf jedoch die öffentlichen Haushalte nicht über Gebühr belasten.
Im Netzwerk ruhrmobil-E hatten sich seit April 2009 Autohersteller, Zulieferunternehmen, KFZ-Betriebe, Hochschulinstitute, Politik, Netzbetreiber, kommunale Unternehmen, Dienstleistungsbetriebe, örtliche Behörden, Kammern und Gewerkschaften zusammengeschlossen, um Bochum zu einem technologischen Vorreiter in Bezug auf Elektrofahrzeuge, Ladetechniken und regenerative Energien zu machen. Die 'Netzwerker*innen' wollen Aktivitäten entwickeln und Forschungsarbeiten unterstützen, um die alternative Antriebsart Elektroenergie künftig stärker in den öffentlichen Blickpunkt zu rücken. Seit Februar 2010 ist aus dem Netzwerk der Verein "ruhrmobil-E - Verein zur Förderung der Elektromobilität" geworden.